Essa parceria público-privada começou em 2015, com assinatura do protocolo de intenções, que viabilizou em 2017 a reforma e ampliação das estruturas dos sítios um e dois da Estação de Cananéia, proporcionando a recepção e quarentena de suínos importados para fins de reprodução. Em 2019, ocorreu a necessidade de nova ampliação da EQC, devido ao aumento da demanda das empresas de genética para importações e a entrada de novas empresas no mercado brasileiro.
As obras de ampliação são fruto do acordo de cooperação técnica celebrado em 2020, com o intuito de manter a suinocultura brasileira geneticamente atualizada e ao mesmo tempo preservar o alto status sanitário do rebanho nacional.
A Estação, localizada na Ilha de Cananeia, litoral sul do estado de São Paulo, realiza quarentena e pesquisa em animais sob ambiente oficialmente controlado, em complemento às medidas de defesa sanitária animal aplicáveis aos processos de importação, exportação e do trânsito nacional.